不動産の登記ってなに

自分の土地や建物を『これは私の物です』と、第三者に宣言する法律的な手続です。
　つまり、重要な財産である不動産（土地や建物）の状況並びに権利関係等の経緯を国が設けた機関である登記所の【登記簿】と呼ばれる帳簿に記載するとことをいいます。

登記所と法務局はどう違うの

呼び名は違いますが、同一のものです。
　一般的には、登記事務が行われているところから、登記所と呼ばれていますが、国の機関の名称としては、○○法務局、△△地方法務局、△△地方法務局□□支局、□□出張所と呼ばれています。

土地家屋調査士は、不動産の実際の状況を正確に登記簿に記載する【表示に関する登記】の手続きを業務とし、司法書士は、所有権や抵当権の設定等の権利関係を登記簿に記載する【権利に関する登記】の手続を業務としています。
　たとえば、建物を新築した場合にまず、土地家屋調査士が、建物の建っている場所（所在・地番）や形（種類・構造・床面積）についての登記を行い、その後で司法書士が、その建物の所有者が、どこの誰であるという権利の登記を行うのです。

工事途中の未完成なものや容易に動かせるものは登記することは出来ません。
　登記の対象となる建物とは、【屋根があること、周囲に壁又はそれに類するものがあること、土地に定着したものであること、目的とする用途に利用できる状態にあること、】以上の用件を満たしていなければ建物として登記できません。
　個々の建物によって違いがあるので、詳しくは土地家屋調査に相談してみて下さい。

登記面積の中には、明治時代に税を徴収するために作成された土地台帳の面積をそのまま記載されているものもあるので、当時の測量技術を考えれば違っていてもおかしくありません。
　土地家屋調査士が、調査・測量して分筆や地積更正の登記をした土地、区画整理事業などが実施された土地であれば、誤差は少ないと思いますが、分筆等の測量図も時期や測量の方法で違いがあることも考えられます。

将来、土地の売買や金融機関からの借り入れ等に支障を来たす恐れがあるので、滅失登記をすることをお勧めします。
この場合、他人名義の建物なので敷地所有であるあなたから、申請はできません。
ぉそらく建物所有者の行方もわからないでしょうから、敷地所有者から建物の滅失の登記の申出を行うしか方法はないと思われます消しくは土地家屋調査士に相談してみて下さい。